Hola:
Disculpa mi demora en responder.
Lo primero que hice antes de abrir este hilo, entre otras pruebas y comprobaciones para ver por dónde venían los tiros, fue un downgrade de los siguientes paquetes:
$ sudo downgrade gnome-desktop-common gnome-desktop-4 gnome-desktop gnome-shell mutter
Me quedé con las versiones que indiqué en alguna de las entradas anteriores (básicamente mutter 43.x y gnome* 43.x).
Esto es lo que vi aplicable en mi caso, ni sé si será 100% aplicable al tuyo.
Espero que te sirva por lo menos para volver a tener un Budgie operativo. En cuanto a tu customización, no me atrevería a asegurarlo, pero si no quitas los archivos de configuración no creo que la pierdas, aunque reinstales Budgie, o incluso si lo eliminas y lo vuelves a instalar.
Yo, por si te sirve mi enfoque, al final opté por dejar budgie y quitar gnome. No desinstalé budgie sino que, siguiendo la idea que me dio @shivanandvp, quité lo que me impedía actualizar budgie, eliminando mutter e instalando mutter43. Así que ahora sólo tengo budgie como DE y estoy barajando las alternativas de entorno gráfico para poder disponer de un 2º DE.
Saludos y si no me expliqué bien me dices.